Дисбактериоз кишечника характеризуется избыточным микробным обсеменением тонкой кишки и изменением микробного состава толстой кишки. Нарушение микробиоценоза происходит в той или иной степени у большинства больных с патологией органов пищеварения с наличием секреторно-моторных нарушений и очагов воспаления. Например, после перенесенных острых кишечных инфекций, при длительном приеме лекарственных препаратов, влияющих на секрецию пищеварительных желез, моторику и регенерацию эпителия пищеварительного тракта и в первую очередь антибиотиков, а также при неполноценном питании (в том числе раздельном), при нерациональных экзотических диетах.