Наиболее опасным осложнением неспецифического язвенного колита является острая токсическая дилятация толстой кишки. Данное осложнение встречается у 2-3 процентов больных. Однако чем тяжелее течение болезни, тем данное осложнение встречается чаще и при остром и молниеносном течении встречаются до 20 процентов случаев. Другим грозным осложнением неспецифического язвенного колита является перфорация толстой кишки. Также одним из тяжелых осложнений неспецифического язвенного колита является массивное кишечное кровотечение.